Pada awalnya wilayah Hukum Pengadilan Negeri Nunukan masih termasuk dalam wilayah Kabupaten Bulungan dan termasuk wilayah Hukum Pengadilan Balikpapan, selanjutnya pada tahun 1961 didirikan tempat sidang tetap Pengadilan Negeri Balikpapan di Tarakan. Setelah Pengadilan Tarakan berdiri pada tahun 1965 diwilayah Kabupaten Nunukan masuk menjadi wilayah Hukum Pengadilan Negeri Tarakan. Meskipun demikian, Prinsip penanganan perkara secara cepat, sederhana dan biaya ringan bagi masyarakat pencari keadilan di Kabupaten Nunukan masih jauh dari harapan dikarenakan jarak yang sangat jauh serta sarana transportasi menuju kota Tarakan cukup mahal.

Bertitik tolak dari hal tersebut, maka Bupati Nunukan kemudian mengajukan permohonan kepada Bapak Ketua Mahkamah Agung RI dan Bapak Menteri Kehakiman dan Hak Asasi Manusia guna pembentukan Pengadilan Negeri diwilayah Kabupaten Nunukan sehingga dari permohonan tersebut terealisasi dengan terbitnya Keputusan Presiden RI No. 14 Tahun 2005, tanggal 23 mei 2005 tentang pembentukan Pengadilan Negeri Lembata, Pengadilan Negeri Rote Ndao, Pengadilan Negeri Pelalawan, Pengadilan Negeri Rokan Hilir, Pengadilan Negeri Nunukan dan Pengadilan Negeri Malinau.

Berdasarkan Keppres RI No. 14 Tahun 2005 tersebut Pengadilan Negeri Nunukan kemudian diresmikan oleh Bapak Prof. DR. Bagir Manan, SH. MCL Ketua Mahkamah Agung RI pada tanggal 01 Maret 2006. Sedangkan Ketua Pengadilan Negeri Nunukan yang ditunjuk Mahkamah Agung adalah Bapak Sugeng Hiyanto, SH.MH. yang telah melaksanakan tugas terhitung sejak tanggal 01 Maret 2006